Après une expérimentation démarrée en 1997, les Régions sont devenues autorités organisatrices des transports en 2002, lors de la décentralisation du TER aux Régions. Depuis cette date, les Régions contractualisent avec SNCF pour que celle-ci mette en œuvre les services TER qu’elles ont préalablement définis. L’offre TER a ainsi progressé de 21% depuis 2002. Cet accroissement du niveau de service s’est traduit par une fréquentation TER en forte hausse : +49% depuis 2002.

Les Régions investissent pour acquérir des nouveaux trains modernes, confortables et accessibles. A travers les Contrats de plan Etat-Régions (CPER), elles financent de nombreux projets de modernisation du réseau. Le transport est aujourd’hui le premier poste budgétaire des Régions, notamment en matière d’investissements qui atteignent 3 milliards d’euros par an.

Régions de France a formulé à de nombreuses reprises des propositions visant à renforcer leur rôle dans le domaine des transports. Par la loi NOTRe du 7 août 2015 et la plateforme Etat-Régions du 27 juin 2016, les Régions ont acquis de nouveaux leviers de pilotage pour conduire leurs politiques de mobilité en particulier en matière de transport ferroviaire, et deviennent ainsi des autorités organisatrices de transport de plein exercice.